В файле /modules/shop/setup/shop.install.php нет кода создающего экстраполя для пользователей (таблицы cot_users). Если они у Вас создались - то только со страницы настроек модуля.
Там есть код добавляющий поля в таблицу cot_shop_userinfo - но это совсем другая таблица, она нужна для хранения разных адресов доставки для одного пользователя.
При нажатии на "Создать все поля" FireBug на вкладке "консоль" выдает что то подобное:
POST http://test_shop/admin.php?m=shop&n=product&a=addextfields 200 OK 107ms jquery.min.js (строка 5) Параметры Заголовки Post Ответ HTML JSON Cookies
Если этого не произошло, значит по какой-то причине у Вас не подключен shop.config.js или что то вызывает ошибку JS с прекращением исполнения Java-скрипта. Если же всетаки это появляется, то на вкладке "Ответ" можно узнать, что приходит от сервера. Возможно там есть какое-либо сообщение об ошибке.
Строки подключения этого файла в TPL файлах админки магазина действительно нет. Он подключается в файле modules/shop/shop.header.main.php на строке 72.
Какая у Вас версия PHP? Для правильной работы магазина нужна не ниже 5.3.х