Товары добавляются как и обычные страницы. В настройках магазина http://<ваш_домен>/admin/config?n=edit&o=module&p=shop в опции "Категории магазина" нужно указать коренвую категорию магазина.
Категория должна существовать. Если ее нет, то ее еужно создать: http://<ваш_домен>/admin/structure?n=page
Ну, и чтобы заработали ссылки вида: mydomen.ru/shop , нужно настроить плагин URL Editor. Обычно в его настройках выбирается набор предустановок "Удобный"