Это не проблема. Эти скины темы используют ссылки на устаревший коробочный модуль PFS. По этому они и используют ссылку вида {PHP|cot_url('pfs')}, которая будет преобразована в index.php?e=pfs. Если же Вы используете модуль файлов, то в TPL шаблонах следует использовать конструкцию {PHP|cot_url('files')}, которая будет преобразована в index.php?e=files.