Для регистрации автозагрузчика в стэке __autoload служит статический метод register(). Вызывается так:

// Автозагрузка
require_once './lib/Loader.php';
Loader::register();

Регистрация автозагрузчика происходит в плагине cotonti-lib, так что Вам не нужно заботиться о подключении автозагрузчика в своих расширениях.

Метод регистрирует автозагрузчик только один раз. По этому даже если Вы его подключаете явно, ничего плохого не случится.

Как происходит автозагрузка:

Строка, задающая класс, согласно стандарта кодирования psr-0 (https://gist.github.com/Thinkscape/1234504),  преобразуется в относительный путь посредством замены знаков подчеркивания разделителями директорий, используемыми в вашей ОС, и добавления расширения «.php». Например, для класса «files_model_File» на Windows будет использоваться путь «files\model\File.php».

Затем полученный файл ищется в папках «modules», «plugins», «lib» и папках заданных в настройке конфигурации include_path. Будет загружен первый встретившийся файл.

Так, если у Вас установлен модуль Файлов - «Files», то при первом обращении к упомянотому выше классу  «files_model_File» будет загружен файл «modules/files/model/File.php»